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海马濑人在一...，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，神秘的埃及石板来到日本展览，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。 决斗者王国篇 一卷神秘的录像带，武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，千年神器中千年眼的拥有者，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。 战斗城市前篇 决斗者王国一战结束，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，武藤游戏的知名度瞬间上升，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），但武藤游戏却因为时间终止而败北，但因为中途漫画故事情节进度跟不上
