小行星撞击地球，大陆被毒化为“忍者”（シノビ）之名，创造出外星人来攻击人类。人们只能逃到“海陆”，即海底；拯救他们的唯一方法就是复活“机神将军”神意志（KikaroーDO）。大约500年后，被奴役的“冰”公主梅子美子和拥有人间兵器“柳生”（ヤギュウ）之血的少年秋方挺身而出。