从东京开往大阪的特快列车上坐着一位特殊的客人。他是欧洲英格拉姆帝国的萨利贝斯女王和她的小儿子菲利普亲王。女王拥有欧洲最大的珍珠“水晶之母”，这也引起了吉多·基德的注意。为了防止基德得逞，女王在自己身边驻扎了众多保镖和警察。火车上还有日本警察首席代表中森警官、他的女儿青子以及Kit的真身Kaito。眼看着预定的时间已经临近，圭多还是没有找到红宝石真正的藏身之处。与此同时，国际珠宝大盗贾卡尔和罗斯也试图利用基德的成功。在火车上，柯南注意到装扮成售票员的罗丝有些奇怪。宝石攻防战开始了……