故事发生在东京八丈岛的海岸附近，那里建造了“太平洋男孩”，这是一个连接来自世界各地的警察监控摄像头的海上设施。在该设施正式开放之前，来自世界各地的 IT 工程师来到现场与欧洲刑警组织的管辖区进行对接。与此同时，一项使用面部识别的“新技术”正在测试中…… 另一方面，柯南和少年侦探队应园子的邀请来到八丈岛看鲸鱼。与此同时，柯南接到冲谷青（赤井修一饰）的电话，得知欧洲刑警组织的成员在德国被仁杀害。为了调查真相，柯南潜入了黑田平和其他在“太平洋浮游船”执勤的警视厅人员的巡逻艇，潜入了该设施。就在这之后，就在系统启动准备工作进展顺利的时候，却发生了一起案件——一名女工程师被黑衣组织绑架，她手上的一个存有一些资料的U盘也落入了黑衣组织的手中。 .海中传来一阵可怕的螺旋桨声。而此时，在八丈岛的灰原眼附近，一道黑影也在悄然逼近。